Em relação à infraestrutura, o programa dispõe atualmente de laboratórios bem equipados e produtivos, graças a investimentos da FINEP, CNPq, CAPES, FIOCRUZ e UNIR, o que tem permitido a ampliação do volume de publicações e redução do tempo para defesa de teses e dissertações. Estão disponíveis para os docentes e discentes do programa diversas plataformas tecnológicas da FIOCRUZ: RPT 10B – Bioprospecção (dispõe de seis cromatógrafos de alta performance e outros equipamentos); RPT 03D - Ressonância Plasmônica de Superfície (com um Biacore T200 para estudos de interação de moléculas contra alvos validados em pesquisa de novas drogas); RPT 02I - Espectrometria de Massa (com um espectrômetro do tipo MALDI-TOF-TOF com capacidade de geração de íons b, y e w); RPT 11G – Bioensaios em Malária e Leishmaniose; RPT 09F - PCR em Tempo Real; e RPT 08I - Citometria de Fluxo (com um FACSCan acoplado a dois lasers permitindo até 5 determinações).
- CENTRO DE ESTUDOS DE BIOMOLÉCULAS APLICADAS A SAÚDE (CEBio)
- LABORATÓRIO DE MICROBIOLOGIA E PARASITOLOGIA
- CENTRO DE ESTUDOS EM SAÚDE DO ÍNDIO DE RONDÔNIA (CESIR)
- CENTRO DE INVESTIGAÇÕES EM BIOLOGIA EXPERIMENTAL E BIOTECNOLOGIA (CIBEB)
- LABORATÓRIO DE GENÉTICA HUMANA
- LABORATÓRIO DE QUÍMICA DE PRODUTOS NATURAIS
- LABORATÓRIO DE BIOECOLOGIA DE INSETOS (LABEIN)
- LABORATÓRIO DE FISIO, IMUNOPATOLOGIA E QUIMIOTERAPIA DA MALARIA
- LABORATÓRIO DE VIROLOGIA
- LABORATÓRIO DE MICROBIOLOGIA
- LABORATÓRIO DE EPIDEMIOLOGIA
- AMBULATÓRIO ESPECIALIZADO EM HEPATITES VIRAIS DE RONDÔNIA
- IMUNOLOGIA CELULAR APLICADA À SAÚDE
- LABORATÓRIO DE EPIDEMIOLOGIA GENÉTICA
- LABORATÓRIO DE ENGENHARIA DE ANTICORPOS
- LABORATÓRIO DE ENTOMOLOGIA
- LABORATÓRIO DE BIOINFORMÁTICA E BIOESTATÍSTICA
- LABORATÓRIO de BIOTECNOLOGIA APLICADA À SAÚDE
- PLATAFORMA DE CRIAÇÃO E EXPERIMENTAÇÃO ANIMAL
- PLATAFORMA DE BIOENSAIOS DE MALÁRIA E LEISHMANIOSE (LPBML)